Nanoha Takamachi es una estudiante de tercer grado de primaria. Vive con sus padres, que tienen una cafetería, su hermana y su hermano, que están en la escuela secundaria y en la universidad, respectivamente. La vida normal de Nanoha cambia cuando oye una voz llamándola de vuelta a casa y termina rescatando un hurón herido (cuya forma humana es un niño arqueólogo, Yūno, que proviene de otro mundo). De él obtiene un cristal mágico llamado Raising Heart , que da a Nanoha poderes mágicos. Luego de su encuentro, Nanoha y Yūno deben conseguir las 21 "Jewel Seeds", cristales poderosos del mundo de Yūno que cumplen deseos y son peligrosos si caen en las manos equivocadas. Sin embargo, Nanoha y Yūno no son los únicos tras las Jewel Seeds.