Jason Bourne es un asesino a sueldo que trabaja al servicio de la C.I.A. En su última misión, algo sale mal y acaba en el mar y con dos balas en la espalda. Un pesquero italiano lo recoge, y el médico del barco, al curarle las heridas, encuentra escondida bajo la piel una cápsula que contiene el número de una cuenta en un banco suizo. Al enterarse de que la misión de Bourne ha fracasado, su jefe, Ted Conklin, intentará eliminarlo. Pero Bourne consigue llegar a Suiza. Allí recoge en un banco una bolsa que contiene pasaportes de diversas nacionalidades e identidades. El problema de Bourne comienza cuando se da cuenta de que ha perdido la memoria y no sabe ni quién es ni por qué lo persiguen.