Hace treinta años, una invasión alienígena estuvo a punto de extinguir a la humanidad. Desde entonces, el mundo sobrevive a duras penas y la ONU ha creado EXCEEDS para combatir la amenaza. En una isla remota, la joven cazadora Shiina solo sueña con vivir en paz junto a su hermana Setsuna… hasta que un incidente la arrastra al centro de la batalla.