Shinichi Kudo es un joven detective que consigue esclarecer cualquier misterio, por difícil que sea. Un día, nuestro protagonista descubre los maléficos planes de una peligrosa organización criminal y es envenenado. Sin embargo, el veneno no lo mata, sino que por accidente, lo encoge y lo convierte en un niño de apenas 6 años. Atrapado en este cuerpo, Shinichi, bajo el seudónimo de Conan Edogawa, deberá resolver los casos más difíciles mientras intenta encontrar un antídoto que lo devuelva a la normalidad y hacer lo posible para que su amiga, Ran Mouri, no sospeche quién es realmente el sabiondo Conan...