La historia gira alrededor de Allen Walker, un exorcista, al final imaginario del siglo XIX en Europa. Allen es un miembro de la orden religiosa oscura, formado por exorcistas, conectados con el Vaticano. La misión de la Orden es detener al Conde del Milenio, espíritu necrófago maligno que se propone limpiar el mundo destruyendo a todos los seres humanos con sus armas llamadas "Akuma"