Falta el Dr. Oki, el genio científico que diseñó un nuevo tipo de submarino. Su hijo, Susumu, huele un plan malvado de un grupo desconocido. Él sabe todo sobre el submarino de su padre llamado "Super 99": equipo, armas, funciones y capacidad. Susumu piensa que encontrar a su padre es revelar la organización secreta, Helmet Party, y detener su conspiración. Con la ayuda de sus amigos y el Cuerpo de Marines, se embarca en una búsqueda submarina, sin saber lo peligroso que es su esfuerzo...