La historia tendrá lugar en una isla, donde el Sistema Fractal ha empezado a colapsar. Un día, Clain encuentra en un precipicio a una chica herida, llamada Phyrne. Ella desaparece dejando un pendiente. Clain y el avatar con forma de niña, Nessa, inician un viaje para Phyrne y descubren el secreto del Sistema Fractal.