En el futuro cercano, la liberación accidental de un virus experimental causa un brote que cambia la química del cerebro de cada persona en el mundo, permitiendo percibir seres extra-dimensionales llamados “Phantoms”. En adición, algunos niños nacidos después del brote han desarrollado poderes especiales que les permiten combatir y sellar Phantoms. A pesar de que la vasta mayoría de los Phantoms son inofensivos, muchos de estos niños especiales son ubicados en clubs y organizaciones dedicadas a lidiar con Phantoms que prueban ser amenazas para la humanidad. La historia sigue a Haruhiko Ichijo y sus amigas del Club de Cazadores de Phantoms de la Academia Hosea, una escuela privada para chicos con Habilidades Fantasmas para sellar Phantoms, y su vida diaria con los problemas lidiando con los Phantoms.