Tiene lugar en el año 1937, en vísperas de la Segunda Guerra Mundial, la historia trata de una organización de espionaje misteriosa conocida como la "Agencia D". La organización se establece por el Teniente Coronel Yuuki del Ejército Imperial Japonés. Sus ideales lo llevan a reclutar gente graduada de la academia militar, mientras que la formación para que se conviertan en agentes expertos en las artes de la manipulación. Estos agentes se convertirían en un equipo especializado para llevar a cabo las operaciones. Uno de estos agentes anti-héroe, bajo el nombre Jirou Gamou, va en una angustiosa misión para descubrir documentos secretos titulado "Notas negras", mientras luchan contra las fuerzas de dentro y fuera de sus propias filas.