Ambientada en el 2050, Kong continúa siendo la criatura más fuerte con rasgos humanos jamás vista, convirtiéndolo en la imagen del perfecto héroe. El futuro parece brillante para la Isla de Alcatraz en San Francisco, desde que es transformada en el Museo de Historia Natural y Reserva Marina más impresionante del planeta. Pero todo cambia cuando la principal atracción de esta Isla saca su lado salvaje, convirtiéndose en el enemigo público número uno para los humanos. Esto le da el camino libre al villano que le tendió la trampa para atacar al mundo con un ejército de gigantescos dinosaurios robóticos. Irónicamente, aunque Kong sea el fugitivo más buscado, solo él tiene la fuerza suficiente para detener a estos dinosaurios de súper potencia y al villano que los manipula. Afortunadamente, tres jóvenes humanos saben la verdad y están dispuestos a arriesgar sus vidas para evitar la captura de Kong mientras él lucha por salvar a la humanidad.