Tres años después de la rebelión de Char, Banagher Links, un niño que vive en la colonia manufacturera Industrial 7, conoce a una misteriosa chica que se hace llamar Audrey Burne. Audrey afirma que está tratando de impedir que la Fundación Vist entregue la Caja de Laplace a los restos de Neo Zeon, un acto que podría desencadenar otra guerra, y Banagher decide ayudarla. Pero la colonia se convierte en un campo de batalla a medida que estalla la lucha entre las Mangas y las Fuerzas de la Federación de la Tierra, que también han venido a detener el traspaso. Mientras Banagher corre a través de la batalla en busca de Audrey, tiene un encuentro fatídico con un traje móvil blanco, el Unicorn Gundam, que es la clave es la Caja Laplace.