Esta nueva serie se desarrolla varios años después de lo ocurrido en las anteriores series, siendo la protagonista en esta ocasión una chica llamada Homura Suzuko que acaba de transferirse a una nueva escuela en Ikebukuro. En esta ocasión las Selectors no lucharán para poder cumplir su deseo, sino para poder modificar sus propios recuerdos, los cuales estarán representados por unas monedas. Perder un combate significa perder dichas monedas, es decir, perder los propios recuerdos.