La historia se desarrolla en la ciudad de Kamihama. Allí, guiadas por un extraño poder, se reúnen chicas mágicas para combatir entre ellas y hacerse con un nuevo poder extraído de las brujas. Iroha Tamaki es una joven cuya hermana menor sufre de cierta enfermedad y su deseo a cumplir como chica mágica es salvarla. Madoka Kaname llega buscando a su amiga Homura, quien está desaparecida.